Ba‘al entführt Mitglieder des Hohen Rates der Jaffa und unterzieht sie einer Gehirnwäsche. So will er die Jaffa unter seine Kontrolle bringen. Währenddessen steht Mitchell vor einer schwierigen Entscheidung: Er weiß nicht, ob er einem sterbenden Freund Details über das Programm von SG-1 verraten kann.
Eine riesige Energiewolke bewegt sich auf die Erde zu. Unter dem Kommando von Captain Kirk soll das Raumschiff „U.S.S. Enterprise“ das gefährliche Phänomen untersuchen.
Die Erde ist in Gefahr, mehrere Raumschiffe und eine Raumstation wurden bereits zerstört. Im Inneren der Wolke scheint sich eine Intelligenz zu befinden, die konkrete Ziele verfolgt.
Der erste Kinofilm der erfolgreichen... Star Trek: Der Film